Nueva herramienta para identificar patógenos responsables de brotes alimentarios

El Ilustre Colegio Oficial de Veterinarios de Cádiz -Colvet Cádiz- ha celebrado la implementación Sistema Integrado de Epidemiología Genética de Andalucía -SIEGA- en el servicio de seguridad alimentaria andaluz. Dicho sistema se viene trabajando en Andalucía desde la Conferencia Conjunta de París de 2019 organizada en el mes de marzo por ANSES, BFR, NIFDS y DTU sobre la temática de la secuenciación genómica completa y sus implicaciones para los patógenos de origen alimentario. Tiene como objetivo identificar a través de la secuenciación genómica completa, los patógenos procedentes de muestras alimentarias, ambientales y clínicas implicados en los procesos de protección de la salud y mejorar así la toma de decisiones.

Siguiendo el método tradicional, los veterinarios explican que en ciertas ocasiones resulta complicado encontrar el patógeno responsable de un brote alimentario o de una toxiinfección alimentaria, “pues son muchos los alimentos que pueden interferir en determinar el origen del mismo y aunque la encuesta epidemiológica se revela clave para su identificación, junto a la trazabilidad y a la toma de muestras de alimentos, con la nueva herramienta, la secuenciación y su posterior tratamiento bioinformático, permitirá a los profesionales de seguridad alimentaria identificar de forma precisa la identidad del microorganismo patógeno responsable del brote en concreto”, detallan.

En lo que se refiere a las muestras que pueden ser procesadas mediante la secuenciación genómica, pueden ser de muchos tipos: alimentarias, provenientes de cualquier alimento sospechoso de ser portador microorganismos patógenos; ambientales, como agua, tierra, aire ambiente, procedentes de ganaderías, cultivos, etc.; y por último muestras clínicas susceptibles de haber producido una infección en el hombre, o sea sangre, orina, saliva, etc.

Una vez tomada la muestra, sea cual sea entre las especificadas anteriormente, el protocolo es el siguiente: se transportan al laboratorio en condiciones específicas según su tipo y se procesan de cara a la extracción del ADN bacteriano que determinará la identificación precisa del patógeno. Dicho laboratorio realizará la secuenciación masiva del ADN y la secuencia obtenida, se remitirá al Área de Bioinformática Clínica del Sistema Sanitario Público de Andalucía para su análisis bioinformático y traducción de la secuencia a un informe del mismo.

Referente a la relación entre las diferentes muestras tomadas en la investigación de un brote alimentario, tan pronto como se detecten síntomas de una posible toxiinfección y se tome una muestra clínica del paciente, se enviará al laboratorio para su secuenciación genómica. Una vez allí en cuestión de horas se tendría identificado el microorganismo, y sería más fácil apuntar hacia el posible alimento causante o la superficie el agua, la procedencia, etc. Se tomarían nuevas muestras bien alimentarias y bien ambientales y, de coincidir el patógeno a nivel de cepa de las muestras con el microorganismo tomado de la muestra de la persona, ya podría realizarse el control oficial sobre el origen del producto.

“Este procedimiento sería mucho más rápido y preciso que la asociación que puede hacerse por el método convencional. La identificación precoz del microorganismo acortaría notablemente los tiempos para una posible intervención y respuesta por parte del control oficial, ya sea inmovilización y retirada del producto o clausura de instalaciones, así como la discriminación de los casos clínicos en función de esos determinantes, o sea, todas las acciones posibles para evitar que llegue el microorganismo patógeno a la población y cause problemas de salud”, añaden desde Colvet Cádiz.

VENTAJAS

Por último, desde Colvet Cádiz reseñan todas las ventajas de la secuencia genética aplicada a la vigilancia epidemiológica:

Se realiza mediante el enfoque ‘One Health’, estrategia a nivel mundial que permite abordar patógenos que se propagan a través de las poblaciones humanas, entre animales y humanos, en el ganado y a través de la cadena alimentaria coordinada, multidisciplinar, transfronteriza e intersectorial eficaz.

Gracias a la utilización del genoma completo, identifica la cepa del microorganismo de forma más precisa e inequívoca, permitiendo incluso la atribución de la fuente y vías de transmisión.

Genera espíritu de colaboración entre las diferentes unidades implicadas de la Junta de Andalucía y otros ámbitos académicos y de investigación a nivel regional y nacional.

Proporciona un salto cualitativo a la investigación.

Genera una mayor rapidez de actuación, adelantando el momento de intervención en el caso de producirse brotes de enfermedad transmitidos por el patógeno, y disminuyendo la aparición de nuevos casos.

Otros beneficios importantes se refieren a las muestras. Cada vez que se toma una y se envía al laboratorio, estas se almacenan dando lugar a un gran cepario, aparte de recepcionar secuencias genéticas tomadas en otros puntos de España y la UE donde se hayan tomado muestras andaluzas. Y todo conduce al gran objetivo de conformar una gran Base de Datos Genómicos de Andalucía que no sólo sirva para la trazabilidad de origen de los brotes, sino también para impulsar la investigación en Salud Pública a través del uso del ‘Big Data’ sanitario.